中國馳名商標的認定機構是國家工商總局商標局和商標評審委員會；另據高法的司法解釋，人民法院可以對商標是否馳名作出認定。《保護工業產權的巴黎公約》是保護工業產權方面影響最大的國際公約,中華人民共和國于 1985-3-19 正式成為該公約成員國.《巴黎公約》只承認商標注冊國、使用國商標主管機關認可的該國馳名商標.第九屆全國人民代表大會第一次會議批準的國務院機構改革方案和《國務院關于機構設置的通知》（國發[1998]5號）（即國務院"三定方案"）中把認定馳名商標的職權賦予國家工商總局商標局.事實上,自1991年起至2003年初中華人民共和國國家工商行政管理局商標局通過個案先后認定了國內馳名商標196個.
中華人民共和國加入世貿組織（WTO）議定書于 2001-12-11 生效,WTO的《知識產權協議》（TRIPs）明確要締約方對知識產權的確權行為實行全面司法審查.因此,法院也是馳名商標的合法認定機構.
一般地說,履行司法權的法院和履行行政權的國家商標局在馳名商標的認定方式、認定程序和認定效力上有所區別.
國家商標局馳名商標認定是依據（1996年8月14日國家工商行政管理局令第56號）<馳名商標認定和管理暫行規定> 中華人民共和國有法院認定馳名商標實例.
根據《馳名商標認定和保護規定》第4條，我國國家商標局和商標評審委員會在商標權發生爭議所處的不同階段有權對一個商標是否馳名作出認定。即，當爭議商標處于初步審定公告階段時，商標局是馳名商標的認定機構；當爭議商標處于已注冊階段時，商標評審委員會是馳名商標的認定機構。
另外，根據最高人民法院《若干問題的解釋》第22條規定: “人民法院在審理商標糾紛案件中，根據當事人的請求和案件的具體情況，可以對涉及的注冊商標是否馳名依法作出認定。認定馳名商標，應當依照商標法第十四條的規定進行。當事人對曾經被行政主管機關或者人民法院認定的馳名商標請求保護的，對方當事人對涉及的商標馳名不持異議，人民法院不再審查。提出異議的，人民法院依照商標法第十四條的規定審查。”，該規定確認了法院對馳名商標的認定司法審查、認定權。
我們可以看出馳名商標的認定機構為商標注冊國或使用國主管機關（《巴黎公約》第6條之二）。具體到我國，根據新《商標法》第5章及《規定》第4條，可以看出我國馳名商標的認定機構包括工商行政管理局（具體為商標局、商標評審委員會）及人民法院。但應看到兩者在認定方式、認定程序和認定效力的區別。其中商標局采用行政程序，以主動（事前）認定和被動（事后）認定兩種方式確認馳名商標；法院以司法程序、僅以被動認定的方式來確認馳名商標，而且商標局的確認是非終局性的，人民法院的確認則具有終局效力。
隨著Trips協議“司法審查”制度的落實，商標權屬的終局決定權由行政機關不合理壟斷的局面被打破。對馳名商標認定，除行政管理機關和人民法院外，作為準司法機關的仲裁機關也應對此有所作為。根據《仲裁法》，只有婚姻、收養、監護、撫養、繼承糾紛及依法應當由行政機關處理的爭議不能仲裁。新的《商標法》已經允許當事人通過司法審查的途徑尋求保護，雖然未對商標糾紛是否可以提交仲裁明文規定，但同樣未加明文禁止。從理論上講：一般認為“不能通過和解解決的爭議不能提交仲裁，知識產權糾紛以及侵犯知識產權的損害賠償等均屬當事人意思自治范疇的可和解的爭議，因而是可仲裁的”。聯合國《承認與執行外國仲裁裁決的公約》第二條規定“非合同關系產生或可能產生的糾紛也可通過仲裁解決”，我國在加入《紐約公約》時就聲明“非契約性的商事法律關系所引起的爭議”可以聲明仲裁，最高人民法院在關于執行《紐約公約》的通知中界定侵權糾紛屬于“非契約性”的商事糾紛。因此商標侵權糾紛具有可仲裁性。如果允許當事人通過仲裁方式解決商標侵權糾紛，那么仲裁機構對馳名商標是否具有認定權將是一個需首先解決的重要問題。作為“準司法”途徑的仲裁方式，在馳名商標認定方面有獨特的優勢。
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