如果把整個商標國際注冊馬德里體系比喻為一個工廠，那么各締約方則是車間，它們對各自的產品——商標國際注冊申請進行“生產加工”。世界知識產權組織國際局(以下簡稱國際局)類似于廠長辦公室，負責全局的調度、協調以及規章的制定。
國際局設在瑞士日內瓦，其工作人員來自各締約方。國際局負責對來自各締約方的各種申請和通知進行登記、整理，然后分發給相應締約方。
國際局的形式審查
國際局對商標國際注冊申請只進行形式審查，主要審查申請書的填寫是否符合《商標國際注冊馬德里協定》(以下簡稱馬德里協定)、《商標國際注冊馬德里協定有關議定書》(以下簡稱馬德里議定書)以及《商標國際注冊馬德里協定及其議定書共同實施細則》(以下簡稱《共同實施細則》)的要求，尤其要嚴格審查申請商標注冊的商品和服務的表述是否正確，商品和服務所在類別的劃分是否有誤。
國際局還要審查商標國際注冊申請的有關費用是否已繳納。商標國際注冊申請的規費可以由申請人直接向國際局繳納，如果申請人所在締約方的商標主管機構同意代收并轉交此規費，也可由該機構向國際局繳納。
對于國內申請人提交的商標國際注冊申請，經過形式審查，國際局認為申請不符合有關規定的，將向國家工商總局商標局(以下簡稱商標局)、商標注冊申請人或其代理人寄送不規范通知，提出修改意見，并要求上述三方予以答復，部分答復必須通過商標局轉交。商標國際注冊申請不規范可以分為以下3種情況：
一、關于商品和服務分類的不規范情況
國際局如果認為商標國際注冊申請不符合《共同實施細則》第9條第4款(a)項中關于分類規定的要求，應就商品和服務的分類和組合提出自己的建議，并將建議通知書寄給原屬局，同時通告申請人。必要時，建議通知書也會說明依據建議進行的分類和組合所需繳納的規費數額。根據規費表，對于分類的不規范，國際局收費的標準是77瑞士法郎，如果建議超過20個詞，則每詞加收4瑞士法郎，對此我國申請人需要格外注意。原屬局可在建議通知之日起3個月內向國際局提出對分類和組合的意見。如果原屬局在通知之日起2個月內未就建議的分類和組合向國際局提出意見，國際局會發出提醒函再次通知原屬局及申請人，敦促其回復該建議，該提醒函的發出不影響前面所述的3個月限期。國際局如果按照原屬局或申請人所提出的意見撤回其建議，就會通知原屬局和申請人。如果原屬局或申請人提出了意見，但是國際局認為其意見不符合要求，就會堅持自己的建議，并就此通知原屬局和申請人。在這種情況下，國際局會收取費用，這些費用需要在3個月內繳納，否則申請會被視為放棄。如果原屬局未按規定向國際局提出任何意見，國際局收取的建議費用應在通知之日起4個月內繳納，否則申請會被視為放棄，國際局應就此通知原屬局，并同時通告申請人。如果申請被視為放棄，國際局應在扣除653瑞士法郎的基本注冊費的一半款額后，將針對該申請所收取的任何費用退還給付款方。在這種情況下，商標局可按照申請人及其代理人的要求，在扣除280元人民幣的國際注冊手續費之后，將其余費用退還給付款方。
二、關于商品和服務名稱的不規范情況
國際局如果認為商標國際注冊申請書中翻譯的任何商品和服務所用的詞語過于含混、費解或用詞不正確，會就此同時通知原屬局和申請人。在通知中，國際局可建議使用某替代詞或建議刪去該詞。原屬局可在通知發出之日起3個月內提出糾正不規范的建議。在這種情況下，商標局會通知申請人或其代理人，請其在規定期限內提出自己的建議并回復國際局。如果在3個月的期限內，原屬局未提出國際局可接受的任何糾正不規范的建議，只要原屬局已經明確了申請中出現的詞應歸入的類別，國際局會將該詞列入國際注冊中，但是國際注冊中會包括一段說明，表示國際局認為其用詞過于含混、費解或用詞不正確。如果原屬局未明確任何類別，國際局則可能刪除該詞，并同時通知原屬局和申請人。如果在3個月的期限內，原屬局提出的意見與國際局難以達成一致，按規定最后以國際局的意見為準。
三、除涉及商品和服務分類或其名稱之外的不規范情況
1.過早向原屬局提出請求。如果原屬局收到要求向國際局提交專屬馬德里協定的商標國際注冊申請，而該申請涉及的商標尚未在原屬局注冊簿上注冊，根據馬德里協定第3條第4款的規定，該申請應被視為由原屬局于該商標在該局注冊簿上注冊之日收到。一般來說，商標局國際注冊處會要求申請人拿到商標注冊證后再提交國際注冊申請。
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