如果原屬局收到要求向國際局提交同屬馬德里協定和議定書的商標國際注冊申請，而該申請涉及的商標尚未在該原屬局注冊簿上注冊，那么該申請應被作為專屬馬德里議定書的國際申請處理，并且原屬局應刪除對任何受馬德里協定約束的締約方的指定。申請人可以作出聲明，要求該申請在其商標取得基礎注冊后再生效。盡管有這樣的規定，但是商標局國際注冊處還是要求申請人在取得國內商標注冊證之后再提交商標國際注冊申請，否則會發出補正通知，要求申請人在規定時間內補正，未補正的視為放棄申請。
2.需由申請人或原屬局糾正的不規范情況。如果原屬局已向國際局繳納應繳規費，而國際局認為收到的規費數額少于應繳數額，國際局應同時通知原屬局和申請人，指出所欠款額。所欠款額可由原屬局或申請人在國際局通知之日起3個月內補繳。如果未在規定期限內補繳所欠款額，該國際申請應被視為放棄，國際局應就此同時通知原屬局和申請人。我國商標局會定期向國際局的賬戶內存入一定的規費，國際局每受理一個國際商標注冊申請，就會從該賬戶上收取相應費用。
一般來說，商標局可以通過國際局分配的用戶名和密碼登錄其網站查詢規費情況，但是由于國內申請量增長迅猛，每筆申請的規費也很難預期，加上我國外匯管理制度的嚴格和復雜，也出現過商標局存入國際局賬戶的余額不足的情況，但因為有3個月的期限，所以沒有出現過申請不被受理的情況。
3.需由原屬局糾正的不規范情況。這些不規范情況包括未使用國際局要求的正式表格提交申請、申請中含有與申請人資格有關的不規范內容、申請沒有原屬局的簽字、申請中沒有包含基礎申請或基礎注冊的日期和申請號等。對于上述情況，國際局應同時通知原屬局和申請人。
以上不規范情況可由原屬局在國際局發出關于不規范通知之日起3個月內予以糾正。如果在規定期限內不規范情況未被糾正，該申請被視為放棄，國際局應就此同時通知原屬局和申請人。
4.關于指定屬于馬德里議定書締約方的其他不規范情況。這種情況主要出現在指定美國的時候，除了提交MM2表格或MM3表格，還需要提交一份意欲使用商標的聲明，也就是MM18表格。一般情況下，商標局在形式審查的時候會嚴格審查該表格是否齊備，但是遺漏該表格的現象也有發生。在收到國際局的補正通知后，如果商標局可以在提交國際注冊申請的2個月內將該表格提交到國際局，則對美國的指定將生效，否則美國視為不被指定。
需要特別注意的是，上面提到的2個月時限是從提交該商標國際注冊申請之日算起，而不是從收到不規范通知之日算起。如果該申請是在提交到原屬局2個月內提交到國際局的，那么提交到原屬局的日期就是該申請提交的日期。按照這個日期，申請人接到不規范通知時，往往已經超過了2個月的期限。在這種情況下，只能通過后期指定的方式再次指定美國。當然，相應的申請費用可以退還給付款人，但是如果申請只涉及美國，那么國際局會在扣除653瑞士法郎的基本注冊費的一半之后將其他費用退還商標局，商標局在扣除280元人民幣手續費之后將其他費用退還給付款人，該付款人可能是申請人或其代理人。付款人需要商標局退款的，應提交一份退款申請書，并附上付款證明的復印件。
國際局的注冊登記
對形式審查合格的商標國際注冊申請，國際局予以注冊。在商標局標注的申請日期起2個月內國際局收到申請的，以商標局收到該申請的日期為國際注冊日期;國際注冊申請未在2個月內送達國際局的，以國際局的實際收到日期為國際注冊日期。登記的內容包括商品和類別、國際注冊號、圖形要素國際分類編號代碼、劃分申請是依照馬德里協定還是依照議定書指定、優先權日期和享有優先權的具體商品等商標國際注冊申請所包含的全部數據。
商標國際注冊的有效期為10年，自注冊之日起計算。
頒發國際注冊證
根據《共同實施細則》的規定，國際局應向申請人頒發國際商標注冊證。通常情況下，國際商標注冊證由國際局向申請人或其代理人直接寄送，也可以應原屬局要求通過原屬局轉交。值得一提的是，該規定是國際局2003年應我國要求增加的。
目前，我國商標局承擔著向申請人或其代理人轉交國際注冊證的工作。2003年以前，我國申請人的注冊證由國際局直接寄送，由于申請人或其代理人地址翻譯存在諸多不規范，大量注冊證丟失，給申請人帶來了很大麻煩。在這種情況下，商標局向國際局提出建議，對《共同實施細則》第14條第(1)款進行了修改，可以由締約方的商標主管機構向申請人轉交國際注冊證。這一規定雖然增加了商標局的工作負擔，但是國際注冊證丟失的現象大為減少。
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